1999年4月23至24日，中共北京联合大学第二次党员代表大会在召开。大会正式代表173人，列席代表45人。

时任校党委书记熊家华作了题为《高举邓小平理论伟大旗帜，深化改革，发挥优势，提高质量，办出特色，为实现跨世纪的发展目标而奋斗》的工作报告。

报告提出“面向北京，面向社会主义现代化建设第线，坚持培养德智体等全面发展、适应经济建设与社会发展需要的应用型人才的办学方向，努力建设成为新型的综合性的以高等职业教育为主，普通高等教育、成人高等教育统筹规划，协调发展的地方大学；建设成为北京市高等职业教育的中心、在全国同类院校中争创一流水平”的办学目标。

会议选举产生第届党委委员21名，纪委委员9名。党委会第一届一次全体委员会会议选出7名党委常委，其中党委书记为熊家华，副书记为孙权、韩宪洲。纪委会第一届一次全体委员会会议选举产生纪委书记为孙权。